《凌晨三点日本无吗》是一部悬疑剧，故事发生在东京的一个寂静夜晚。主人公小明突然接到一通神秘电话，对方声称凌晨三点的日本将会发生不可预知的事件，而唯有他能够阻止。小明怀疑对方是在恶作剧，但随着种种预言逐渐实现，他不得不开始调查背后真正的原因和动机。线索指向了一家废弃学校，在那里他查找到一个神秘组织与迷失记忆的少女相联系。深入调查中，小明意识到这背后隐藏着更大的阴谋，并陷入生死危机。最终，在惊心动魄的决战中，小明与少女联手揭开了整个事件真相。