《薄樱鬼碧血录》的剧情发生在明治时期，主人公山崎邦彦作为新选组成员，与队友们一起调查了一系列神秘事件。在追寻真相的过程中，他与各种反叛者、妖怪和幕末时代遗留问题交织在一起。随着剧情的推进，他逐渐揭示出政府内部存在着黑暗阴谋，并面临着个人选择和忍受悲伤离别的考验。这是一部充满历史背景、冒险与爱情元素相互交织的故事。