故事发生在一个由政府控制的世界，为保护自由知识流通而建立了图书馆。主人公伊藤新加入了图书馆特殊情报部队，并与队友们一起对抗封锁知识的行动。他们遭遇来自另一恶势力组织团体“烈风”的袭击，两者展开了激烈战斗。新与女孩长峰明日香逐渐产生感情，在迷茫与冒险中成长并揭示背后真相：图书馆需要能享受阅读自由的人民保护，战争爆发带来巨变，并最终取得了胜利。这个故事批判权力滥用、呼吁共同守护知识自由和文明进步的重要性。