《星际传奇3》的剧情发生在3000年后，地球被异形控制。人类勇敢的航天队长开启了时间机器，穿越回过去，寻找帮助。他们来到2300年，在和平与战争之间摇摆的时代里，联合各种智慧种族对抗异形军团。航天队长结识了一群无畏的战士，并且逐步揭开了自己身世的谜底。最终，他们击败了异形军团、拯救地球和其他星系居民，并为未来铸造了新的传奇。