《侵略！乌贼娘第二季》故事继续上一季的结尾，乌贼娘艾柯和她的好友小原正面对更大的挑战。一心想要消灭人类，并建立新世界秩序的神秘组织“涡流”，展开了更为猛烈的袭击。艾柯决定带领乌贼家族与他们作斗争，力图保护人类社会。在这过程中，艾柯不仅面临着与强大敌人的激战，还必须处理乌贼家族内部纷争以及自身内心情感问题。同时，她也从每次战斗中成长，并意识到只有通过相互理解与和平才能实现真正的和谐共存。