《新世纪福音战士剧场版：复兴》故事发生在全球遭受巨大灾难的未来，地球资源枯竭，人类生活濒临崩溃边缘。为了复兴人类文明，WILLE组织试图寻找隐藏在核心机体中的“正确之枪”，但他们遭到了NERV的阻击与恶势力SEELE的追杀。同时，使徒再度降临地球，并展开破坏行动。主人公碇真嗣和绫波零带领EVAs进行决战，最终与给予地球毁灭性打击的使徒展开对决。真相渐渐浮出水面，“正确之枪”被握在某个关键角色手中，事件推进至高潮时钟声响起……完成任务能否拯救这个危机四伏的世界？