故事发生在一个动物园，四只好朋友——狮子亚历克斯、斑马玛丽、长颈鹿梅尔曼和河马格莱迪斯突然决定离开动物园探险。他们误闯到海上并被打捞到非洲国家马达加斯加岛，遇见了搞笑的企鹅团队。他们在这个美丽的岛屿上度过了一些难忘的时光，经历了许多有趣和刺激的冒险。但是，在面对野生动物群与恶势力哈默头目武装侠的猖獗威胁时，他们必须团结起来并利用每个人的特长才能找到回家的路。