在《忍者神龟：崛起第二季》中，四位忍者神龟和他们的导师，监护人艾普里尔正面临前所未有的挑战。他们必须对抗由巫师库拉伊领导的邪恶忍者集团“脱壳兵团”，后者企图统治纽约市并摧毁四只井发射计划。与此同时，神秘的新敌人巨岩也出现了，在全城造成了一系列混乱和破坏。为了保护自己以及整个人类社会，神龟家族将不得不联合其他反派力量，并利用他们每个人独特的技能和勇气来对抗这些新威胁。