故事发生在一个虚拟世界，人类与各种战舰娘共同生活。主人公悠一意外穿越到这个世界并成为了指挥官。他决心带领着自己的“中途岛”舰队，通过海上作战收集更多的娘化战舰们。经过磨难和团结奋斗，在一场终极大决战中，他们打败了强敌，并实现了全员完美开花。最终，他们找到离开这个世界的方法，并告别了自己深爱的“娇小企业”。而后如愿以偿回到现实世界，但留下无尽回忆和友情在那片海域徐徐荡漾。