《轮回的拉格朗日第一季》讲述少年志郎，为了守护家族岛屿，参加了海上学校。在邂逅神秘女孩阳菜后，他们共同探索着深海中隐藏的秘密。经历种种挑战和考验后，他们揭开了拉格朗日岛真相：地下深处有巨大机械威胁岛屿安全。为了拯救家园以及保护人类文明，志郎与好友们奋起反击，并最终解决了危机。但他们也发现自己卷入更大阴谋之中...