在《游戏王 GO RUSH!!》中，年轻的决斗者小明发现了一款全新的虚拟现实游戏——“游戏王GO”。这款游戏通过激活眼镜和手套，将决斗场景投影到真实世界中。小明热衷于成为最强大的决斗者，迫切想获得所有海报上宣传的神秘卡牌。然而，在由NPC构成并具有自我意识的BOSS挑战下，他必须解开一个个谜题、进行高强度对决。随着故事展开，小明结识了其他志同道合的好友，并逐渐揭示出隐藏在游戏背后更加深远而复杂的阴谋！