在《名侦探柯南日语版》中，少年侦探工藤新一被组织服下神秘药物，竟变成小孩。他以江户川柯南的身份潜入怀疑父亲枉死案的毛利小五郎调查。通过灵活推理和机智解谜，柯南帮助毛利破获一个又一个复杂的谋杀案并揭露真相。同时他寻找对抗组织、恢复身体的方法，并与青梅竹马兰、法医宫野志保等朋友通力合作。柯南不放弃追寻正义，他坚信自己有一天会恢复原来的身份重振威名。