本剧情以四年后的明治十三年为背景。浪客剑心在新地统一与佐藤铜时合作，打倒了东京治安最糟糕的黑帮组织「暴走会」。然而，一个来历不明、强大恶势力「星惊组」崛起。他们意图夺取东京权力，并迫使市民接受他们的暴政。剑心和新地再次联手，将以天才谋士真人《现代都市范》计划对抗星惊组。战斗过程中揭开风之忍者星霜出场并重回横滨故事尾声！