在新篇《剧场版魔法少女小圆 新篇 叛逆的故事》中，魔法少女小圆再次面临巨大挑战。一位来自未知宇宙的神秘少女Homura出现，她拥有与小圆相同的魔法能力，却对正义持有不同理解。为了彻底改变历史和拯救重要人物，Homura展开了一系列冒险。小圆深感背叛并努力阻止她，但每一次对抗都无济于事。在这场纷争中，两位魔法少女最终揭开了不可思议的真相，并面临着艰难的选择——顺应命运还是追求自由？友情、信念与意志之间的矛盾交织，在残酷而悲伤的结局中达到高潮。