《萌学园之时空战役》是一部以校园为背景的冒险奇幻剧。故事讲述了普通高中生小明被卷入了一场神秘的时空旋涡，来到了充满魔法与科技并行的未来世界——萌学园。在这个异世界里，他结识了一群拥有各种超能力和人形外观的机甲少女们，并加入其中成为唯一的男生代表。为了保护和平与公正，小明与伙伴们组成联盟，共同参与多个领域的战斗和竞争活动。同时，他还得面对自己携带着特殊能力而引发种种纠纷和阴谋。