《萌学园之萌骑士传奇》讲述了一个全新的萌系学园故事。主人公是一名平凡的高中生，偶然穿越到了一个充满魔法和冒险的异世界。他在这个世界上成为了一位强大的萌骑士，并组建了一支由可爱动物和精灵组成的队伍。他们共同面对着邪恶势力，拯救被威胁的人类与精灵们，并逐渐揭开隐藏在背后的真相。剧情中展现出友情、勇气和团结力量，在冒险与才能中探索自身潜力，为美好未来而战斗。