柯南一行人来到小笠原群岛度假，期间江户川柯南突然失踪，引发大家的担忧。同时，获悉海上有可疑船只活动，小哀与灰原哀展开调查。在询问目击者时，他们得知曾看到一个神秘人物出现，并怀疑与柯南失踪有关。经过艰苦努力，两人终于找到了隐藏在岛屿深处的秘密实验室，在那里意外发现了维持柯南童年身体的毒剂。最终揭开真相后，小哀和灰原哀成功解救出被囚禁的江户川柯南，并彻底摧毁了实验室。众人以高昂士气迎接新的冒险！