在《星球大战：克隆人战争第二季》中，银河系不断陷入混乱。共和国的绝地武士们与分裂势力展开了一场激烈的战斗。除了面对来自西斯领袖达斯·帕尔席发动的恐怖威胁之外，共和国还必须应对新出现的威胁——一支由秘密基因实验创造出来的强大克隆人部队。剧情将围绕着这些影响力巨大且复杂多变的势力进行展开，探索各方之间复杂而残酷的冲突以及背后隐藏着的伏击、阴谋和叛变。