《脑洞少女》讲述了一个普通高中生小娜，每当她进入梦境后，就能够创造出各种匪夷所思的情节。她与自己的朋友们一起在这个梦境里展开一系列惊险刺激的冒险，在其中面临着各种难题和敌人。然而，这些梦境并不是简单的幻觉，而是通过解密谜题来完成任务，并最终帮助现实世界中遇到困难的人们。在这个过程中，小娜也逐渐发现了自己身上与这些神秘力量有关联的身世之谜。