在《哥斯拉：怪兽行星》中，地球已经被怪物哥斯拉征服并赶出。数十年后，人类逃亡的残存者返回地球试图夺回家园。他们发现地球上的生态系统都被巨型怪兽占领，人类成为了弱小的角色。为了反抗这些怪物，人类展开艰苦的战斗，并找到曾一度将神奇力量击败过哥斯拉的传说中存在着最后希望之处——它是救世主还是毁灭者？