在《科搜研之女 剧场版》中，天才科学家小花发明了一款能够实现时间穿越的装置。她和团队决定测试这个装置，并前往过去的世界。然而，在他们抵达后不久，却发现历史正在被改写，导致一系列灾难性事件发生。为了修复时空秩序，小花和团队展开了充满惊险和挑战的旅程，揭开一个隐藏在过去中神秘组织的阴谋。他们必须合力面对来自未知力量的考验，并努力保护历史真相不被改变。这部剧场版融合了科幻、悬疑与冒险元素，让观众跟随角色一同解密并拯救时空。