柯南、工藤新一和小兰前往一幢被称作“纯黑的恶梦”的废弃大楼调查凶杀案。他们发现案发现场遍布谜团，似乎隐藏着一个极为可怕的秘密。同时，不明身份者逐渐揭开封面：他们是曾经组成科学犯罪组织的卧底特工，并暴露了台长在背后制造的巨大阴谋。为了追求真相，柯南决定向他人透露真实身份，并展开全力对抗邪恶势力的行动。随着剧情发展，敌人接连出击，使得战斗变得更加艰辛……