第三季《某科学的超电磁炮》剧情将围绕着主人公御坂美琴展开。在面临一个新的威胁时，她决定与其他能力者组成一支特别小队，共同应对来自神秘组织的挑战。为了击败敌人并保护城市的和平，他们将经历艰难而激动人心的战斗。随着剧情推进，他们不仅揭示出这个神秘组织背后更大的阴谋，还发现了隐藏在城市幕后的真相。同时，在种种危险之中，美琴也逐渐领悟到友情、勇气和责任意义深远的价值。