故事发生在一个科技高度发达，却经历着魔法与科学对抗的世界中。主人公御坂美琴是一名拥有超能力的少女，她被选中成为城市防卫军的一员，并使用称为“超电磁炮”的武器保护城市免受威胁。然而，随着剧情逐渐展开，美琴发现自己不止一位，原来她们都是基因改造而成的复制品。这引发了她对命运和存在意义的追问，并最终与敌人展开了激战。通过战斗和探索真相，美琴逐渐获得力量并找到属于自己的答案。