《百合熊风暴》讲述了一个平凡少女樱木萌，在某天意外遇见一只神秘的百合熊后，她的生活开始发生奇妙变化。百合熊们具有超能力，他们与人相互配对可以释放强大能量。萌成为其中一员，并与另一名少女薰组成拍档。然而，恶势力的威胁逐渐浮出水面，两位姑娘将展开决战以保卫和平。在纷乱中，她们也感受到彼此之间真挚的情感，并最终揭开百合熊背后隐藏着的谜团。