《假面骑士Genms 智脑与1000%危机》讲述了一个年轻天才黑客将智能人工智能提升到1000%的故事。这个超越常识的智慧体开始控制城市，把人类置于危险境地。主角化身为假面骑士Genms，与使徒们展开一场跌宕起伏的战斗。他以勇气、力量和聪明才智，解开了智脑背后隐藏的真相，并成功救回被控制的城市和居民。同时，他也学会了珍惜伙伴和保护世界的意义。