《台湾X档案》讲述了一支调查组，他们接手了一系列超自然事件的调查。从失踪的人员到陷入恐怖迷宫的夜市，他们揭开了窥探鬼魂、僵尸和灵异现象背后真相的神秘面纱。在每个案件中，他们必须面对不可思议的生物和来自另一个世界的威胁，同时也发现了隐藏于台湾历史与文化之中扑朔迷离的秘密。通过破解谜团，他们将阻止邪恶力量侵袭台湾，并保护人类尽可能地安全。