故事发生在一座充满谜团的小镇上。大侦探皮卡丘带着它的伙伴小智展开调查，他们接到了一个神秘案件：全镇的电力突然中断，并失踪了几个电力工程师。经过仔细搜寻，皮卡丘揭开了一个惊人的阴谋：灭霸企图利用黑暗能量控制整个地区，并为自己建立犯罪帝国。为阻止这场灾难，皮卡丘和小智聪明机智地与队友们合作，最终成功解救被困的工程师并打败了灭霸。正义恢复之际，全镇庆祝胜利并感谢大侦探皮卡丘为他们拯救家园做出的贡献。