《康熙微服私访记3》故事发生在明朝晚期。康熙为了解民情，化身平民，穿着微服暗访江南地区。途中遇到一名神秘杀手团伙，暴露了自己的真实身份。康熙与团伙展开周旋，并揭示他们是某政治势力策划的阴谋。通过聪明才智和忠诚的臣子帮助，康熙成功摧毁团伙并抓住幕后主使。剧情充满悬念、动作和惊喜，在反映出当时社会风貌和权谋斗争的同时强调正义与公理。