《独立纵队2》继承前作故事，发生在战争后的年代。主人公李明加入了一支保卫家园的反抗势力“独立纵队”，他们奋起抵抗恶势力组织“魔爪”的统治。经历许多艰险任务后，队伍逐渐壮大并获得更多支持，同时也揭示了魔爪背后更大阴谋。在最终决战中，李明带领独立纵队与魔爪展开惊心动魄的激斗，成功击败敌人，并宣告胜利与自由归来。