在《神奇动物：邓布利多之谜》中，年轻的阿不思·邓布利多与他的学生纳威尔·朗康德意外卷入了一场神秘案件。他们发现伦敦正遭受着由黑暗势力引起的魔法犯罪波澜，而这些罪行似乎与被诬陷成恶党的异能少女佩索菲亚有关。邓布利多和纳威尔展开调查揭开真相时发现，背后隐藏着一个巧妙地编织网，涉及到禁忌魔法、权力斗争和无尽黑暗。他们能否在时间紧迫之下解释幕后指使者的身份，并保护佩索菲亚呢？