《魔卡少女樱》讲述了小学四年级的主人公木之本樱偶然开启了教书发现自己家中的地下密室，并释放出数张卡片，这些卡片造成了城市中精灵们失去力量，被克洛魔封禁。为了拯救精灵们以及恢复平衡，樱得到小渊老师和她的好友们的支持和帮助。她开始收集召唤卡并变身为魔法少女，在与克洛魔不断对抗中逐渐提高自己的实力，并发现隐藏在背后的更大阴谋。最终，她成功恢复精灵们原有力量，并保护着整个城市。