《文豪野犬第二季》的剧情紧接着前一季的结尾。武装探偵社成员们继续面对超能力者组织“鼠王团”的威胁，同时还要与其他敌人展开激烈战斗。原名堂本宏，在过去的友田广介暴政下成长，决定彻底改变自己。纸吹雪负责保护Twitter畅销作家并解开真相。除此之外，出现几个新角色，如北方朔（秘密警察）和黑影爆點（被设计活跃于大正时代）。他们将为了未来而奋斗、共同解决难题，并揭示更多关于文豪野犬世界背后复杂谜团。