《九九九久久久少女》讲述了一个普通高中生王宇，被奇怪的病毒感染后，他的身体开始出现神秘的变化。每99分钟，他就会变成一个拥有超能力的女孩，并且时间一直持续到99秒。为了找寻解药，他与好友小慧展开冒险之旅。逐渐揭开谜团时，他们发现原来这是一场邪恶势力试图掌控世界的计划。为了挽救人类命运，王宇要学会掌握自己特殊能力的使用技巧，并和小慧一起勇往直前，在98.9秒内打败邪恶势力，拯救世界并找回自由。