在《神秘感染》的第二阶段中，病毒恶化变异，整个城市笼罩在混乱和绝望之中。主人公发现自己被感染，但保持了意识。他开始寻找解药与同样受感染却仍坚持理智的人们联合抵抗病毒侵袭。在追求真相的过程中，一名神秘科学家透露了一个可怕的消息：这种病毒并非自然形成，而是人为制造的！主人公决定揭开背后黑幕，并与盟友们合力对抗邪恶势力，在险象环生中展开壮烈斗争。