《怦然心动20岁 第三季》继续讲述了青梅竹马的高中生陈锦辉和李朵朵之间的故事。这一季，他们来到大学，面临着新的挑战和成长。他们每天相伴上课，分享快乐与困惑；在学校展开各种活动中找到自己的兴趣与激情；时而争吵、时而和解，两人的感情逐渐升温。然而，朵朵遇到了挑战，她考虑放弃大学文凭追寻自己真正的梦想。两人经历风雨后意识到彼此重要性，并鼓励对方追求个人理想。最终，在友谊和爱情的尊重下，二人走向美好未来。