在《萌学院3之魔法号令》中，天才魔法师小晴因发现一本神秘魔导书而来到了以培养魔法天赋为目标的学院。元素系、治愈系、幻术系三大门派激烈争夺霸主地位。小晴结识了聪明可爱的校长女儿苏雨，他们决定联合同伴成立“梦幻队”，探索精彩世界。不料，古老封印解开引发混乱，恶势力入侵学院。小晴与伙伴们面对巨大挑战时练就真正的勇气和友谊，并将魔法力量融合绽放出强大光芒保护学院！