一场神秘事件发生在东京市，哥美拉大怪兽突然现身，凶残行径使城市陷入恐慌。与此同时，假面超人出现在城中与之战斗。柯南和小兰感到不安并展开调查。经过一番艰苦追踪，他们发现真相是一个疯狂科学家制作了巨型机器人来控制哥美拉，并利用它为所欲为。最终，柯南运用聪明才智成功解开谜团，并帮助假面超人打败了邪恶的科学家。正义战胜邪恶，城市重回平静。