《移动迷宫3》的故事发生在一个未来科技高度发达的世界。主人公汤姆是一位普通青年，被奇怪的电子信件引导进入了一个名为“移动迷宫”的虚拟现实游戏世界。在这个迷宫中，他必须通过解谜、跳跃和躲避陷阱来生存，并找到通往下一层的出口。然而，随着层数逐渐增加，汤姆面对更加复杂和危险的任务和敌人。他与一群志同道合的玩家联手合作，不断成长并揭开了隐藏背后真相——参与此游戏者将受到控制和操纵。为赢得自由，在最终关卡中，汤姆挑战强大首领BOSS，并成功摧毁系统拯救所有受困玩家。