《攻壳机动队 SAC_2045》的剧情发生在一个离奇的未来世界中，人类已经陷入了一场持续不断的虚拟现实战争。年迈而强大的节次斯蔡博士将自己与神秘组织SUIT（非法使用网络技术）背叛了政府。为解决这场紧急危机，几个主角组建了新一支由才华横溢的特种部队组成的机动队，他们揭开了SUIT犯下罪行和危险企图的真相，并最终为恢复和平持续作出努力。