在《石纪元 第三季》中，地球受到来自太空的神秘外星物质的入侵。这些物质不仅改变了地球的生态环境，还给予了部分人类特殊能力。随着时间推移，被赋予力量的个体开始组成联盟，并发展出各自的势力。主角小凡和他的伙伴们为保护地球而奋起抵抗，他们必须面对许多困难和挑战，包括聚集力量的敌人、力量失控以及内部纷争等。在这一季中小凡将不断成长，并与伙伴们一起寻找反制外星物质的方法，并最终打破黑暗力量威胁地球。