《精灵宝可梦：波尔凯尼恩与机巧的玛机雅娜》是一部奇幻冒险动画电影。故事发生在神秘的波尔凯尼岛上，少年小晖与他的伙伴波克比踏上了寻找失落的圣器之旅。他们遇到了拥有机械技术的科学家菲努斯和她的合作伙伴玛洛游离，在追捕失败后，菲努斯因对宝可梦世界做出贡献而被授予特殊力量，并加入小晖队伍。为了阻止邪恶科学家德雷夫琉斯聚集圣器以统治整个宝可梦世界，他们必须解开谜题并保护圣器不被盗走。最终，在团结一心和勇气的驱使下，他们成功打败德雷夫琉斯，保护了和平。