《かのじょをす理由わ第一集》讲述了高中生的主人公和一个神秘女孩之间的故事。在某一天，主人公突然发现自己能够看见他人内心的秘密，而唯独这个女孩除外。为了揭开她身上的谜团，主人公与她开始接触，并逐渐产生了情感。但随着剧情的推进，主人公逐渐发现，原来这个女孩就是理由（リユウ），拥有特殊力量并受到追杀。两人为躲避追击展开了冒险，并试图寻找解开谜题的方法。