《神马少女午夜理论》是一部以校园为背景的青春喜剧剧情片。故事主要讲述了几位普通高中生，他们发现自己在午夜时分可以换身体，并且只有彼此能看到这种现象。面对这个超乎想象的神奇事件，少年们开始秘密交流、互相协助解决问题。虽然面临着课业压力和感情困扰，但他们逐渐认识到友情与相互支持的重要性，并共同成长，在异想天开的午夜之旅中收获了更多珍贵经历。