《大侦探皮卡丘》讲述了发生在皮卡丘与他的搭档蒂姆和警长亚姆达尔之间的一系列神秘事件。当蒂姆的父亲突然失踪后，皮卡丘成为了重要的调查工具。随着深入调查，他们揭开令人震惊的真相：被涉及的人类集体被变成宝可梦！而凶手竟是深眠已久并早已失去理智的现实虚拟交融技术创造者霍华德。最终，在大家合力下，凶手落网，受害者成功恢复原样，并团结一致阻止邪恶计划。